The public health implications of melioidosis

Melioidosis, which is caused by the bacterium Burkholderia pseudomallei, is a potentially fatal tropical infection, little known outside its main endemic zone of Southeast Asia and northern Australia. Though it has received more attention in recent years on account of its claimed suitability as a biological weapon agent, the principal threat from melioidosis is a result of naturally occurring events. Occasional case clusters, sporadic cases outside the known endemic zone and infections in unusual demographic groups highlight a changing epidemiology. As melioidosis is the result of an environmental encounter and not person-to-person transmission, subtle changes in its epidemiology indicate a role environmental factors, such as man-made disturbances of soil and surface water. These have implications for travel, occupational and tropical medicine and in particular for risk assessment and prevention. Practical problems with definitive laboratory diagnosis, antibiotic treatment and the current lack of a vaccine underline the need for prevention through exposure avoidance and other environmental health measures. It is likely that the increasing population burden of the tropical zone and extraction of resources from the humid tropics will increase the prevalence of melioidosis. Climate change-driven extreme weather events will both increase the prevalence of infection and gradually extend its main endemic zone.

PCR-based identification of Burkholderia pseudomallei / Identificação de Burkholderia pseudomallei baseada em PCR

DNA amplification techniques are being used increasingly in clinical laboratories to confirm the identity of medically important bacteria. A PCR-based identification method has been in use in our centre for 10 years for Burkholderia pseudomallei and was used to confirm the identity of bacteria isolated from cases of melioidosis in Ceará since 2003. This particular method has been used as a reference standard for less discriminatory methods. In this study we evaluated three PCR-based methods of B. pseudomallei identification and used DNA sequencing to resolve discrepancies between PCR-based results and phenotypic identification methods. The established semi-nested PCR protocol for B. pseudomallei 16-23s spacer region produced a consistent negative result for one of our 100 test isolates (BCC #99), but correctly identified all 71 other B. pseudomallei isolates tested. Anomalous sequence variation was detected at the inner, reverse primer binding site for this method. PCR methods were developed for detection of two other B. pseudomallei bacterial metabolic genes. The conventional lpxO PCR protocol had a sensitivity of 0.89 and a specificity of 1.00, while a real-time lpxO protocol performed even better with sensitivity and specificity of 1.00, and 1.00. This method identified all B. pseudomallei isolates including the PCR-negative discrepant isolate. The phaC PCR protocol detected the gene in all B. pseudomallei and all but three B. cepacia isolates, making this method unsuitable for PCR-based identification of B. pseudomallei. This experience with PCR-based B. pseudomallei identification methods indicates that single PCR targets should be used with caution for identification of these bacteria, and need to be interpreted alongside phenotypic and alternative molecular methods such as gene sequencing.

As técnicas de amplificação de DNA estão sendo cada vez mais utilizadas em laboratórios clínicos para a confirmação da identificação de bactérias que têm importância médica. Um método de identificação de Burkholderia pseudomallei baseado em PCR tem sido usado em nosso centro há 10 anos e foi utilizado para confirmar a identificação de bactérias isoladas de casos de melioidose no Ceará desde 2003. Este método particular tem sido usado como padrão ouro para métodos menos discriminatórios. Nesse estudo, avaliamos três métodos de identificação de B. pseudomallei baseados em PCR e usamos seqüenciamento de DNA para solucionar discrepâncias entre os resultados baseados em PCR e os métodos de identificação fenotípica. O estabelecido protocolo de PCR semi-nested para a região espacial 16-23s da B. pseudomallei produziu um consistente resultado negativo para um de nossos 100 isolados testados (BCC#99), mas identificou corretamente todos os outros 71 isolados de B. pseudomallei. Uma variação anômala da seqüência foi detectada na região interna do sítio de ligação do primer reverso para este método. Métodos de PCR foram desenvolvidos para a detecção de outros dois genes bacterianos metabólicos de B. pseudomallei. O protocolo de PCR IpxO convencional teve sensibilidade de 0,89 e especificidade de 1,0, enquanto que o PCR em tempo real mostrou-se ainda melhor, com sensibilidade de 1,0 e especificidade de 1,0. Este método identificou todos os isolados de B. pseudomallei, incluindo o isolado discrepante que teve o PCR negativo. O protocolo de PCR phaC detectou o gene de todos os B. pseudomallei e em todos exceto três isolados de B. cepacia, tornando este método de identificação de B. pseudomallei baseado em PCR inadequado. Esta experiência com métodos de identificação de B. pseudomallei baseados em PCR indica que devemos ter precaução quando estes forem utilizados sozinhos para identificação dessa bactéria e que eles necessitam ser interpretados em conjunto com métodos fenotípicos e moleculares alternativos, tais como seqüenciamento genético.

Clinical guideline for diagnosis and management of melioidosis

Melioidose é uma infecção emergente no Brasil e em países vizinhos da América do Sul. O amplo espectro de apresentação clínica inclui pneumonia adquirida na comunidade, septicemia, infecção do sistema nervoso central e infecção de partes moles de menor severidade. O diagnóstico depende essencialmente da identificação microbiológica. Burkholderia pseudomallei, a causa bacteriana da melioidose, é facilmente cultivada em sangue, escarro e em outras amostras clínicas. Entretanto, B. pseudomallei pode ser difícil de identificar com segurança e também ser confundido com outras bactérias Gram negativas. Os exames sorológicos podem dar suporte a um diagnóstico de melioidose, mas não fornece um diagnóstico definitivo por si só. A realização de investigação laboratorial seqüenciada pode ajudar a reduzir o risco de não reconhecer isolados incomuns de B. pseudomallei. O tratamento antibiótico recomendado para infecção severa é Ceftazidima ou Meropenem endovenosos por várias semanas, seguido por um tratamento oral com uma combinação de Sulfametoxazol-Trimetopim e Doxiciclina por até 20 semanas. O uso consistente do diagnóstico microbiológico e o tratamento rigoroso da infecção severa com antibióticos adequados nas duas etapas, aguda e de erradicação, contribuirão para a redução da mortalidade por melioidose.